ބަޖެޓް ޔުނިޓުގެ މައިގަނޑު މަސައްކަތްތަކުގެ ތެރޭގައި މާލީ ރިކޯޑުތަކާއި ރިޕޯޓުތައް ތައްޔާރުކޮށް ބެލެހެއްޓުމާއި، ކޮމިޝަނުގެ އަހަރީ ބަޖެޓު ތައްޔާރުކުރުމާއި، އަތްމަތީ ފައިސާއާއި ތިޖޫރީ ބެލެހެއްޓުމާއި، ބިލްތަކަށް ފައިސާ ދެއްކުމަށް ޕޭމެންޓް ވައުޗަރ ތައްޔާރުކުރުމާއި، އާމްދަނީއާއި ޚަރަދުތަކާބެހޭ މާލީ ރިޕޯޓުތައް ތައްޔާރުކުރުން ހިމެނެއެވެ. މީގެ އިތުރުން، ކޮމިޝަނުގެ އިންޓަރނަލް އޮޑިޓްގެ މަސައްކަތް ކުރުމާއި، ދައުލަތުގެ ބަޖެޓުންނާއި އެހެނިހެން ފަރާތްތަކުން ލިބޭ ފައިސާ ޚަރަދުކުރާގޮތުގެ ތަފްސީލް ބެލެހެއްޓުންވެސް ބަޖެޓު ޔުނިޓުގެ މައިގަނޑު މަސައްކަތްތަކުގެ ތެރޭގައި ހިމެނެއެވެ. އަދި، މާލީ ކަންކަމުގައި ކޮމިޝަނުގެ އިސްވެރިންނަށް ބޭނުންވާ ލަފާދިނުމަކީވެސް ބަޖެޓު ޔުނިޓުގެ މަސައްކަތެކެވެ.